Käse ist ein sensibles, zug- und lichtempfindliches Produkt. Auch Licht kann das Milchfett im Käse verändern, so dass Vitamine verloren gehen.
Grundsätzlich sind Käse im Kühlschrank aufzubewahren, damit sie lange frisch bleiben. Hartkäse am Stück sollte am besten in Pergamentpapier verpackt im Kühlschrank aufbewahrt werden, damit er nicht austrocknet aber trotzdem noch atmen kann. Auch in ein leicht angefeuchtetes Tuch gewickelt, lässt er sich im Gemüsefach des Kühlschranks einige Wochen lagern. Das Leinentuch zusätzlich in Salzwasser, Weinessig oder Wein getränkt, verleiht dem Käse eine geschmacklich raffinierte Note. Weichkäse dagegen hält sich nur einige Tage im Kühlschrank frisch und sollte ebenfalls im Gemüsefach gelagert werden. Schafskäse in Salzlake lässt sich Wochen oder auch Monate lagern, allerdings in der ungeöffneten Verpackung. Für Schnittkäse empfiehlt sich eine schimmelschützende Verpackung wobei von einer luftdichten Klarsichtfolie abzuraten ist. In der Regel ist das beschichtete Papier, in das er an der Käsetheke eingewickelt wird optimal. Dagegen können junge Sorten ausgepackt unter der Käseglocke noch problemlos nachreifen.
Gourmets empfehlen zur Lagerung die Speisekammer oder den Keller, aber im Kühlschrank ist der Käse auch gut aufgehoben.